önceki gibi Freddy de beş gece Oyunlarda oyuncular, orijinal Freddy Fazbear's Pizzeria'nın kardeş lokasyonunda gece vardiyasında çalışan bir güvenlik görevlisi rolünü üstleniyorlar. Kardeş lokasyonda Funtime Auditorium gösterileri için yeni Funtime animatronikleri bulunuyor.
Oyuncunun diğer oyunlarda olduğu gibi beş gece hayatta kalması gerekiyor. Her gece boyunca, yeni bir balerin animatronik olan Ballora'nın liderliğindeki bazı animatronikler canlanmaya başlarken, gardiyan bazı sorunlarla karşı karşıya kalır.
Gece bekçisi, hayata geçirilen başka bir animatronik olan Circus Baby tarafından Ballora hakkında uyarılır. Ona nasıl ele geçirildiğini ve çoğu zaman animatronları kepçe odasında "kepçeleyerek" "düzeltmeye" çalıştıklarını açıklıyor. Bu, iç iskeletlerinin çıkarılmasını ve yeni bir birime yerleştirilmesini içerir. Ancak Circus Baby, yemek odasını ziyaret ettikten sonra bile hala bozuk olduklarını açıklıyor.
Funtime Freddy, Funtime Foxy ve Ballora'nın - diğer birkaç kişiyle birlikte - Funtime Oditoryumu'nda insanları öldürdüğü ortaya çıktı. Dördüncü gece iki tamirci Ballora'yı tamir etmeye geldiğinde, o ve Foxy onları öldürür ve genellikle performans sergiledikleri sahneye asarlar.
Gece bekçisi, Circus Baby tarafından onu tamir odasında "tamir etmeye" ikna edilir. Baby, Circus Baby'nin çipini çıkardıktan sonra gece bekçisini toplama odasına gitmeye ikna eder, ancak onu öldürmeye çalışan Ballora tarafından pusuya düşürülür. Işıklar söndüğü için gardiyanın kendini savunmasının bir yolu yok ama Baby, Ballora'yı gece bekçisinin onlara yardım etmek ve onun yaşamasına izin vermek için orada olduğuna ikna ediyor.
Gardiyan daha sonra karanlığın içinden, Circus baby'nin büyük planını açıkladığı toplama odasına yönlendirilir: Yöneticiler, çevrelerindeki insanlar kaza geçirdikten veya öldükten sonra animatronikleri dışarı çıkarmaya devam ettiğinden, animatronik kuklalar kaçmaları gerektiğine karar verdiler ama başaramadılar. Bunu takım elbiseliyken yapma. Circus Baby, gece bekçisini kendisine yardım etmeye ve karşılığında onun da hayatta kalmasına yardım edeceğine ikna etme planını yaptı. Ancak gece bekçisi toplama odasına vardıktan sonra Bebek, gece bekçisinin içini boşaltmak ve vücudunu ele geçirmek için kepçeyi kullanır.
Oyun, gece bekçisinin evinde aynaya bakarken gösterilmesiyle sona erer. Oyunun jeneriği kaybolmadan önce gardiyanın gözleri parlayarak Circus Baby tarafından ele geçirildiğini ortaya çıkarır.
Tarafından kaydedilen gizli sonlardan birinde RabidRetrospectGames, gece bekçisi beşinci gece boyunca kepçe odasına gitmek yerine Funtime Oditoryumu aracılığıyla özel odaya girebilir. Başarılı bir şekilde yapılırsa, güvenlik görevlisi, animatörleri dışarıda tutacak monitörlerin ve güvenlik panellerinin bulunduğu özel odaya girer.
Ayrı bir bölüm, gece bekçisinin özel odaya girdiği için ertesi gün kovulacağını, ancak önce onu almaya gelen animatroniklere, özellikle de şimdi ihanete uğramış hissedenlere karşı gece boyunca hayatta kalması gerektiğini belirten ayrı bir bölüm oynuyor.
Vardiyanın sonunda gardiyan eve döner ve televizyon izlemeye başlar. Ancak programını izledikten sonra, bilgi toplama odasındaki animatroniklerden biri onu evine kadar takip ediyor ve ekran kararırken önünden yürüyor.
Bazı teoriler, Baby'nin kepçe odasına gittikten sonra Ennard'ın sesini devraldığı ve vücudunu ele geçirmek için gece bekçisini kepçe odasına çekmeye çalıştığı yönünde. Gece bekçisinin gözlerinin aynaya bakarken sonunda Baby'nin gözlerini değil Ennard'ın gözlerini yansıttığı açıklandı.
